1. Văn phòng Trung tâm: là tổ chức thuộc Trung tâm có chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc và chịu trách nhiệm triển khai các hoạt động về công tác Tổ chức cán bộ; Bảo vệ chính trị nội bộ; Bảo vệ bí mật Nhà nước; Tổng hợp; Hành chính; Quản trị công sở; Công nghệ thông tin; Hợp tác quốc tế; Văn thư - Lưu trữ; Phòng chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực; Pháp chế; Tổng hợp báo cáo và đôn đốc các phòng thuộc Trung tâm thực hiện chương trình, kế hoạch của Trung tâm.

2. Phòng Nghiệp vụ Đấu thầu: là tổ chức thuộc Trung tâm có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện các hoạt động liên quan đến công tác đấu thầu tập trung cấp Quốc gia và điều tiết cung ứng, sử dụng các thuốc trúng thầu đấu thầu tập trung cấp Quốc gia theo quy định.

3. Phòng Nghiệp vụ Dược: là tổ chức thuộc Trung tâm, có chức năng tham mưu các hoạt động liên quan đến công tác đàm phán giá và điều tiết cung ứng, sử dụng thuốc thuộc danh mục thuốc được áp dụng hình thức đàm phán giá.

4. Phòng Kế hoạch - Tổng hợp: là tổ chức thuộc Trung tâm có chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc và chịu trách nhiệm tổ chức lựa chọn nhà thầu mua sắm tập trung thiết bị y tế, vật tư xét nghiệm thuộc Danh mục mua sắm tập trung cấp Quốc gia và Danh mục được áp dụng hình thức đàm phán giá do Bộ Y tế ban hành theo quy định của pháp luật; đầu mối tổ chức thực hiện việc điều tiết thuốc thuộc danh mục đấu thầu tập trung cấp quốc gia và danh mục thuốc được áp dụng hình thức đàm phán giá; đầu mối tổ chức giám sát việc thực hiện kết quả lựa chọn nhà thầu, thực hiện Thoả thuận khung của các cơ sở y tế và các nhà thầu trúng thầu.

5. Phòng Đào tạo, Tư vấn và Cung cấp dịch vụ Đấu thầu: là tổ chức thuộc Trung tâm có chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc và chịu trách nhiệm triển khai các hoạt động về: đào tạo, tư vấn và cung cấp dịch vụ đấu thầu và thực hiện nhiệm vụ Tài chính - kế toán của Trung tâm.